“KH Ali Mustafa Yaqub itu dulu Wakil Ketua Komisi Fatwa (MUI), jadi beliau memang orang yang kritis. Dan dalam memahami berbagai fatwa itu sangat siap dengan berbagai dalil dan landasan disiplin keilmuan. KArena beliau memang ahli hadits, jadi ber-nash kalau menyampaikan sesuatu.” (KH. Ma’ruf Amin, Ketua MUI Pusat)

“Yang kadang kala diperlukan dalam menghadapi masalah-masalah yang dihadapi Umat Islam. “Beliau menguasai sumber-sumber ajaran Islam, Al-Qur’an dan HAdits, serta responsif terhadap masalah-masalah yang dihadapi Umat Islam. (Prof. Dr. Din Syamsuddin, Ketua Dewan Pertimbangan MUI Pusat)

“Beliau tokoh yang sangat cinta umat dan Ukhuwah Islamiyyah. Beliau memperjuangkan agar Islam yang moderat tetap menjadi rujukan, bukan yang radikal maupun yang liberal. Dakwah beliau mendunia dan keahlian beliau di bidang ilmu Hadits untuk di Indonesia, termasuk langka. Saya beruntung punya sahabat seperti beliau. Ulama besar yang istiqamah, aktif dalam kajian kepengurusan ormas Islam. Semoga Allah masukkan almarhum ke surga-Nya bersama para ulama dan syuhada dan auliya.” (Dr. Hidayat Nur Wahid, politisi Muslim dan Mantan Ketua MPR)

“Beliau sangat tegas, tak ada kompromi terhadap kebatilan. Beliau juga tegas terhadap aliran sesat. MAkanya dengan wafatnya beliau, kami merasa kehilangan. (KH. Tengku Zulkarnain, Wakil Sekjen MUI Pusat)